大清神捕第二季阎王宝藏一案之后，梅雨墨继承帝位，白雪晴逃离了京城。几年过去，阳城爆发瘟疫，蔓延至京城，梅雨墨带上佟安出宫微服私访，二人身陷黑店之际，被一日本女孩晴明所救。另一边，白雪晴同秦三川进京调查瘟疫的原因。机缘巧合之下，白雪晴与梅雨墨匆匆相遇......此时皇城深宫中，权倾朝野的六贝勒与仁贵妃似乎又有着不可告人的预谋。风雨欲来，随着帝国主义势力的渗透，大清江山摇摇欲坠......